Au commencement de la guerre, le sous-préfet de Saint-Nazaire était alors Pierre Barthère, ancien sous-préfet de Thonon, nommé en mars 1933 en remplacement de monsieur Désiré Jouany qui avait quitté ses fonctions pour devenir le chef de cabinet de monsieur Guy La Chambre, sous-secrétaire d'Etat à la Guerre. En vertu de la loi antisémite du 17 juillet 1940, il fut démis de ses fonctions par arrêt du 8 janvier 1941, sans reclassement, au profit de Michel Douay.
Le 8 janvier 1941 est nommé sous-préfet Michel Douay, alors sous-préfet de Douai depuis le 31 octobre 1940, précédemment directeur de cabinet du Préfet du Pas-de-Calais, ancien sous-préfet de Montargis. Il n'arrive à Saint-Nazaire que le 5 mars 1941 dans la plus totale indifférence. Pétainiste convaincu et collaborateur zélé, il avait pour mission de chasser les derniers élus socialistes encore présents au conseil municipal. Il imposa à Pierre Toscer le 22 juin 1941 la fonction de maire de Saint-Nazaire. (Voyez l'article sur Pierre Toscer.) Le 21 décembre 1941 il fut promu Secrétaire général de la Préfecture de Police de Paris, où il prit ses fonctions le 26 janvier 1942. Il est entre autres coupable d'une circulaire sur les mesures à prendre à l'encontre des juifs ne portant pas l'étoile jaune. A la Libération il échappa par on ne sait quel miracle à l'incarcération, et fut mis en retraite anticipée en 1946.
21 décembre 1941, nomination de Bernard Le Cornu, précédemment sous-préfet de Châteaubriant, entra en fonction après le 12 janvier 1941. Suite à l'opération Chariot durant laquelle un commando britannique rendit inutilisable la forme écluse Joubert, le 27 mars 1942, il eut à protéger la population nazairienne des représailles de l'occupant. Il minimisa ainsi auprès de la kommandantur l'aide donnée par les habitants de la Vieille-Ville et du port aux marins britanniques. Par arrêt du 28 juillet 1943 il fut promu préfet de Corrèze. Bernard Le Cornu aida activement la résistance. A la Libération il fut incarcéré pendant cinq mois à Fresnes. Reconnu résistant, il fut libéré, réintégré dans ses fonctions de préfet, et décoré de la médaille de la Résistance avec rosette. Il a laissé un ouvrage témoignage de ses années de guerre, " Un Préfet sous l'Occupation allemande ", publié en 1984 aux Editions France-Empire.
Le 28 juillet 1943, le gouvernement de Vichy nomma Antoine Benedetti sous-préfet de Saint-Nazaire. Issu d'une famille corse qui a donné plusieurs haut-fonctionnaires à la France, il était apparenté à un degré que nous n'avons pu déterminer dans l'état actuelle de nos recherches à Vincent Benedetti, comte Benedetti et de l'Empire, porteur de la dépêche d’Ems en 1870. Ce lien familial intriguait beaucoup l'occupant et lui fournissait une sorte d'aura. Antoine Benedetti fut chargé d'évacuer la ville de Saint-Nazaire en septembre 1944. Il installa les services de la sous-préfecture à Pontchateau, tout en conservant un bureau à la villa Les Paludières à La Baule, (lui-même logeait à la villa Les Roses), et maintenir le fonctionnement de l'administration. Il avait obtenu que l'occupant verse les salaires des fonctionnaires administratifs et de sécurité en les incitant à puiser sur les 193millions de francs que les nazis avaient confisqués à la Banque de France de Saint-Nazaire. Le Festungskommandant versa en tout 43millions. Il œuvra à temporiser les pénuries qui touchaient les Empochés, notamment quand la farine vint à manquer en juin 1944, mais aussi en autorisant l'émission par la Chambre de Commerce de Saint-Nazaire de deux timbres le 30 mars 1945. En raison de ses fonctions, le Sous-préfet bénéficiait d'une voiture, d'essence, et de laissez-passer pour se rendre à Nantes, ce qui lui permit de communiquer avec la Résistance. A la Libération, il intervint pour obtenir une reddition des Allemands restés retranchés dans la poche de Saint-Nazaire afin de préserver les civils d'une attaque armée. Le gouvernement provisoire le confirma dans ses fonctions.